Suomen Akatemia
Rahoituspäätös
 
Nimi Ollila, Samuli
Organisaatio Helsingin yliopisto
Tutkimusaihe Integroitu menetelmä lipidien ja proteiinien toiminnan ymmärtämiseksi biologisilla rajapinnoilla
Päätös 315596
Päätöspvm 03.05.2018
Rahoituskausi 01.09.2018 - 31.08.2023
Rahoitus (€) 438 874
WebFOCUS Report
Hankkeen julkinen kuvaus
Biologia perustuu pohjimmiltaan erittäin nopeaan biomolekyylien liikkeeseen. Tätä nopeaa liikettä on hyvin vaikea mitata kokeellisesti, joten tietokonesimulaatiot ovat nykyään suosittuja kokeellisten tulosten täydentämiseksi. Tässä tutkimuksessa on tavoitteena integroida klassiset molekyylidynamiikka (MD) simulaatiot osaksi kokeellisen NMR datan tulkintaa, siten että simulaatio ei enää ole pelkkä malli, vaan NMR kokeen tarkka tulkinta. Tätä simulaatioiden ja kokeiden yhdistelmää voidaan käyttää monimutkaisten biokemiallisten prosessien, kuten bakteerien ravinteiden sisäänkuljetuksen, ymmärtämiseksi. Simulaatioiden soveltuvuutta monimutkaisiin biokemiallisiin sovelluksiin laajennetaan myös NMRlipids projektin (nmrlipids.blogspot.fi) avulla. NMRlipids projekti hyödyntää Open Collaboration menetelmää biomolekyylisimulaatioiden laadun parantamiseen. Tutkimuksemme tulokset ovat sovellettavissa uusien antibioottien ja seuraavan sukupolven tieteellisen viestinnän kehittämiseen.