Suomen Akatemia
Rahoituspäätös
 
Nimi Mäkinen, Veli A T
Organisaatio Helsingin yliopisto
Tutkimusaihe Sekvenssianalyysin uudet menetelmät ja laajennukset
Päätös 309048
Päätöspvm 20.06.2017
Rahoituskausi 01.09.2017 - 31.08.2021
Rahoitus (€) 575 748
WebFOCUS Report
Hankkeen julkinen kuvaus
Projektin suurin tieteellinen tavoite on tutkia mitä tapahtuu valituille sekvenssinanalyysin ongelmille, kun sekvenssin sijaan syöte on suunnattu syklitön sekvsenssigraafi. Motivaatio tutkimukseen tulee ajankohtaisista genomitutkimuksen sovellutuksista sekä uusista tuloksista, jotka päättävät erään polun sekvenssianalyysissä: Genomin mallinnus lineaarisena sekvenssinä on luonut laajan sekvenssianalyysin kirjallisuuden suurena joukkona osaongelmia ja optimaalisia algoritmisia ratkaisuja; uudet tuloksemme tiiviiden tietorakenteiden saralla näyttävät, että on mahdollista tehdä sekvenssianalyysiä jopa tilassa, joka on lähellä itse sekvsenssin viemää tilaa. Nämä teoreettiset havainnot mahdollistavat uusien työkalujen kehittämisen, ja myös motivoivat laajentamaan tarkastelua rikkaampien genomin abstrahointien suuntaan.